Статьи автора

ЭФФЕКТ СРАВНИТЕЛЬНОГО АНАЛИЗА РАЗЛИЧНЫХ АННОТАЦИЙ ГЕНОМА РИСА ORYZA SATIVA ДЛЯ ВЕРИФИКАЦИИ IN SILICO ПРЕДСКАЗАННЫХ ПРОМОТОРНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

Номер выпуска 1 от 15.06.2025

В рамках исследования проведен анализ предсказанных методом MAHDS промоторных последовательностей в геноме Oryza sativa с использованием трех аннотаций: RefSeq NCBI, Rice Genome Annotation Project, Ensembl. Установлено, что часть предсказанных промоторов локализована вблизи аннотированных генов, что указывает на их возможную функциональную роль. Остальные участки, представляющие интерес как потенциально новые регуляторные элементы, проанализированы с использованием YAPP на наличие мотивов коровых участков и их функциональных комбинаций. Все исследуемые предсказанные промоторы содержат Inr- или TATA-мотив – ключевые элементы инициации транскрипции. Выявленные сочетания этих мотивов указывают на высокую вероятность транскрипционной активности предсказанных последовательностей, а согласованность результатов с аннотированными данными и CAGE-seq подтверждает надежность и применимость метода MAHDS.

29 0